本連盟は、戦後の学制改革（昭和24年）に伴う新制大学の誕生を契機に結成されたものであるが、当時の資料等が散逸し初期の沿革は今となっては不分明なところが多い。 学制改革直後の昭和24年には、すでに戦前の高専リーグ等を継承して本連盟の先駆けとなる大学野球リーグ戦が実施されており、戦後の混乱期の中でもなお野球にかける当時の大学生の熱き想いの一端をうかがい知ることができる。

大学野球をめぐる初期の混沌の中から、昭和27年4月（昭和26年とする説もある）に本連盟の全身となる「東京都新制大学野球連盟」が発足した。これは全国新制大学野球連盟関東支部の組織改革の伴い、東京理科大学、東京電機大学、東京都立大学、電気通信大学、工学院大学、東京外国語大学、東京都立大学、電気通信大学、東京学芸大学、高千穂商科大学（当時）、日本大学農獣医学部、東京経済大学、国債短期大学の11校が加盟して結成されたものである。しかし、その後も多くの加盟、脱退が相次ぎ、連盟やリーグ戦の運営等について加盟校間の足並みが揃わず、昭和30年代の初頭には改革、再編の必要に迫られる事態となった。

そこで昭和32年4月（昭和33年とする説もある）、東京学芸大学、高千穂商科大学、東京外国語大学、東京経済大学、東京水産大学、東京電機大学、東京都立大学、東京農工大学、日本大学農獣医学部、東京理科大学、工学院大学、電気通信大学の12校により、「東京新大学野球連盟」が結成され今日に至っている。

ここで特筆すべきは、本連盟の発足にあたって多大な尽力をなされた東京学芸大学教授大野量平氏（本連盟初代会長）の存在である。同氏は、東京学芸大学での教育、研究活動を基礎に、野球とりわけ大学野球の普及振興に著しい貢献をなされたが、本連盟の発足に当たっては献身的なご努力をなされ、まさに本連盟の生みの親であり、本連盟の歴史に長くその名を留めておきたい。

本連盟の加盟校は、昭和40年代後半以降は増加の一途をたどり、現在では24校の加盟校を擁する全国有数の大野球連盟に発展している。また、戦績においても創価大学の全日本大学野球選手権ベスト４（昭和52年）、流通経済大学の全日本大学野球選手権準優勝（昭和61年、平成27年）、明治神宮野球大会準優勝（平成3年）など、顕著な成績を収めている。さらに、近年ではプロ野球や社会人野球等においても連盟出身の選手の活躍が著しい。本連盟は、50年の歴史を基礎に今後も学生野球憲章の理念に則り、学生の主体的な運営によりますます発展を続けていく。

昭和24年の学制改革によりそれまでの旧制の高等学校、専門学校、師範学校が大学に昇格。 それに伴いそれまで高専リーグ等として行われていた野球を再編成することとなる。
理工科系リーグ(芝浦工業大、武蔵工業大、東京理科大、東京電機大、東京農工大、東京都立大、久我山大の７校)・ 文科系リーグ(学習院大、青山学院大、明治学院大、成蹊大、東京外国語大、善隣大の６校)・ 医歯薬科系リーグ(東京薬科大、日本歯科大、東京歯科大ら数校)の３リーグを編成。

昭和25年

医歯薬科系リーグがなくなり、歯科系４校(東京歯科大、日本歯科大、日大歯学部、東京医科歯科大) は独立し東京歯科大リーグを結成。

昭和25年

電気通信大・工学院大が理工科系リーグに加盟。

昭和25年

後に加盟することとなる高千穂商科大(現高千穂大)・成城学園大が新制大学への 昇格審査の結果、大学に昇格。

昭和26年

青山学院大・成蹊大・芝浦工業大が東都リーグに移籍。 また、受け入れ側の東都リーグの都合上、武蔵工業大と明治学院大とが 東都リーグ加盟決定戦を戦い、勝利した武蔵工業大が東都リーグに移籍。

昭和26年

上記校の脱退により11校により 「東京都新制大学野球連盟」を発足。
加盟校は東京理科大・東京電機大・東京都立大・電気通信大・工学院大・東京外国語大・ 東京学芸大・高千穂商科大(現高千穂大)・日本大農獣医学部・東京経済大・国際短期大の11校。 同年秋に東京薬科大が加盟し12校。

昭和26年秋

紅陵大(現拓殖大)が東都リーグを脱退したことで明治学院大の 東都リーグへの加盟が実現する。

昭和27年

東部地区大学野球連盟の傘下となり、全国大学野球選手権への出場権を賭けて 神奈川リーグ・北関東地区・甲信越地区の大学と争う制度となる。

昭和27年秋

日本体育大が加盟。一時自然消滅していた野球部が復活したことに よるもので、日本体育大は早々に１部に昇格する。

昭和29年(?)

成城学園大(現成城大)が加盟。

昭和29年

理工科系リーグ時代に加盟しており、いつしか脱退していたと思われる 東京農工大が復帰。

昭和30年春

東京水産大が神奈川リーグから移籍。

昭和33年

日本体育大・成城大が東都リーグに移籍。(日本体育大はこちらの連盟で優勝４回)
12校により現在の「東京新大学野球連盟」を発足。
加盟校は東京学芸大・高千穂商科大(現高千穂大)・東京外国語大・東京経済大・東京水産大・東京電機大・ 東京都立大・東京農工大・日本大農獣医学部・東京理科大・工学院大・電気通信大の12校。
東京新大学野球連盟としての最初の優勝チームは東京経済大。

昭和34年

東京経済大が東都リーグに移籍。(東京経済大はこちらの連盟で優勝４回)

昭和34年

東京商船大が静岡リーグから移籍。

昭和35年

東京理科大中退の平社達三郎選手が、連盟出身の最初のプロ野球選手として 国鉄スワローズに入団。

昭和40年

大学野球選手権への単独出場権を与えられ、東京水産大が当連盟から 初めて大学野球選手権に出場する。

昭和44年

桜美林大が加盟し、即２部優勝を飾るも同年脱退。

昭和44年

日本工業大が加盟。

昭和48年

創価大が加盟。

昭和52年春

国際基督教大が加盟。また、加盟後間もない創価大が大学野球選手権でベスト４進出。

昭和52年秋

流通経済大が加盟。２部リーグ戦から参戦し、すぐに優勝・１部昇格。

昭和53年

加盟校が16校になったために３部制導入(１部６校、２部６校、３部４校)。

昭和55年

秋の明治神宮大会への出場権が東部地区の代表決定戦から 隔年の招待形式となる(隔年の単独出場権を獲得)。

昭和58年暮

東京学芸大の栗山英樹選手が、おそらく連盟加盟大学の卒業生最初のプロ野球選手として ヤクルトスワローズに入団。

昭和58年～昭和59年

流通経済大がリーグ戦36連勝の連盟記録を樹立。

昭和60年

国際商科大(現東京国際大)が北関東甲信越リーグ(現関甲新リーグ)から移籍。

昭和61年

流通経済大が大学野球選手権で準優勝。

昭和62年

杏林大が加盟。

平成１年

流通経済大が前人未到のリーグ戦９連覇を達成。

平成３年

流通経済大が明治神宮大会で準優勝。

平成４年

駿河台大・西東京科学大(現帝京科学大)が加盟。東京工科大を含めて ３校での加盟を画策するも東京工科大の辞退で２校で加盟。
加盟校が20校になったために４部制導入(１部６校、２部６校、３部６校、４部２校)。

平成４年暮

連盟創立40周年記念事業として20校参加によるトーナメント大会が 開催され、流通経済大が優勝(おそらく前身の東京都新制大学野球連盟の創立から40周年)。

平成11年

創価大が明治神宮大会２回戦で同年大学野球選手権優勝チーム・青山学院大と 延長18回引き分け再試合の死闘を演じる(再試合の結果、８回日没コールドで敗退)。

平成14年

東京工科大が加盟。

平成14年暮

21校参加によるトーナメント大会等の連盟創立50周年記念事業が行われる。

平成15年

淑徳大国際コミュニケーション学部が加盟。

平成15年

共栄大が加盟。

平成17年

共栄大が加盟５季で１部昇格。４部制施行以降では最速。

平成18年

創価大がリーグ戦43連勝の連盟記録を樹立。

平成18年

筑波学院大・文京学院大が加盟。

平成19年

筑波学院大が脱退。在籍１季、戦績３戦３敗(10戦中、不戦敗７敗)。

平成21年

筑波学院大が再加盟。翌年脱退。

平成23年春

東京国際大が加盟27年目で初優勝。初出場となった大学選手権でもベスト４進出。

平成24年

東洋学園大が加盟。